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L’enseignement à Lyon se distingue par un développement tardif des structures universitaires classiques, compensé très tôt par un réseau dense d’écoles professionnelles, techniques et spécialisées qui ont fait de la ville un pôle de formation majeur bien avant la création officielle de l’université en 1896.
Lyon a été une ville marchande sans université médiévale Contrairement à Paris (1200), Montpellier (1289) ou Bordeaux (1441), Lyon n’a pas eu d’université au Moyen Âge ni sous l’Ancien Régime, car elle était avant tout une cité commerçante et financière, où primaient la soierie, l’imprimerie et les foires internationales. L’enseignement supérieur y existait néanmoins de façon dispersée, notamment via l’Hôtel-Dieu pour la médecine et la pharmacie, et grâce à des collèges et institutions religieuses. La naissance des facultés et première université arrive en 1896.

- Université Lyon 2 - photo MARC1997FR -
Le tournant arrive au XIXe siècle, avec la création progressive des facultés publiques :
La loi Liard du 10 juillet 1896 donne le statut d’"université" aux regroupements de facultés : les quatre facultés lyonnaises forment alors l’université de Lyon, officiellement installée dans des bâtiments neufs quai Claude-Bernard en 1896. Dès 1914, Lyon est déjà le deuxième centre universitaire français avec environ 2.500 étudiants, et voit se multiplier les écoles professionnelles.
L'enseignement technique et professionnel est une tradition lyonnaise forte : parallèlement à l’université, Lyon développe très tôt un système complet de formations techniques et professionnelles, structuré autour de grandes institutions :
École de la Martinière (1826) : pour ouvriers professionnels et contremaîtres
École centrale lyonnaise (1857) : formation des cadres industriels
Société d’enseignement professionnel du Rhône – SEPR (1864) : formations ouvrières
École supérieure de commerce de Lyon (1872), future EM Lyon
Entre 1912 et 1972, 63% des formations techniques privées lyonnaises s’adressent aux filles, ce qui montre une place importante des femmes dans ces filières. La loi Astier
Après Mai 68, la loi Edgar Faure (novembre 1968) réforme l’enseignement supérieur : autonomie accrue, suppression des facultés au profit d’UFR, et possibilité de scinder les grandes universités. À Lyon, cela aboutit à la division de l’université de Lyon (1896–1969) en trois établissements distincts :
Cette « exception lyonnaise » de trois universités publiques séparées perdure jusqu’à aujourd’hui.
À partir des années 1990–2000, les établissements lyonnais se regroupent à nouveau pour mutualiser moyens et stratégies :
Ce regroupement inclut désormais les trois universités, des grandes écoles (ENS de Lyon, Centrale Lyon, INSA, VetAgro, EM Lyon, Sciences Po Lyon, etc.) et des établissements stéphanois.